Az FSH befolyásolja a petefészek működését, szabályozza hormontermelését, különösképp a progeszteron és az ösztraidol elválasztását. Stimuláló hatása értelemszerűen a menstruációs ciklus első fázisában érvényesül, ebben az ún. follikuláris szakaszban indulnak fejlődésnek a tüszők, melyek közül rendszerint egy, az ún. domináns tüsző válik csak érett petesejtté, mialatt a méhnyálkahártya felkészül a leendő magzatkezdemény befogadására.
A tüszőérés mellett a petesejt kilökődésében szintén lényeges szerepet játszik az FSH: serkenti a petefészek ösztrogéntermelését, melynek hatására megnő az agyalapi mirigyben termelődő luteinizáló hormon (LH) mennyisége, aminek következtében a ciklus közepe tájékán megtörténik az ovuláció. Az ezt követő, ún. luteális fázisban további funkciót tölt be az FSH, serkenti a petesejt kilökődésének helyén képződő sárgatest kialakulását, amely a ciklus második felében progeszteront választ majd ki.
Az agyalapi mirigyben termelődő hormon a férfiak szervezetében is megtalálható, ráadásul hasonlóan fontos szerepet tölt be, mint a nőknél: a spermiumtermelődést és –érést szabályozza. Férfiaknál alacsony spermiumszám esetén mérik az FSH szintjét, nőknél rendszerint kombinált hormonvizsgálat keretében kerül rá sor (a menstruációs ciklus 2-4. napján, vér- vagy vizeletvizsgálat formájában).
A menopauza beköszöntén kívül más tényezők is állhatnak a vártnál magasabb FSH-szint hátterében, az eredmények utalhatnak például a petefészkek fejlődési rendellenességeire, policisztás ovárium szindrómára, stb. Alacsony szintje az agyalapi mirigy, illetve a hipotalamusz működési zavarait jelzi, férfiaknál és nőknél egyaránt.
Nőknél ciklusfüggő az FSH szintje:
Férfiaknál nagyjából állandó értékek tapasztalhatóak: